DOCUMENTOS
Pedido médico com descrição detalhada do quadro clínico
Termo de consentimento para Sequenciamento do Exoma (Termo de consentimento para Exoma)
Formulário de requisição (Formulário para Exoma)
INSTRUÇÕES DE COLETA E TRANSPORTE
Preparo do paciente: Não há (não é necessário jejum)
Material: 4mL de Sangue em EDTA (tubo tampa roxa).
Conservação: até 7 dias refrigerado entre 2oC e 8oC
Critérios para amostras recebidas com restrição: volume inferior ao recomendado, prazo de coleta superior ao recomendado, temperatura superior à recomendada.
Critérios para rejeição de amostras: Amostra coagulada, hemolisada ou congelada, anticoagulante inadequado.
METODOLOGIA
O sequenciamento é realizado em plataforma Illumina ou MGI. A região alvo inclui o DNA codificante e os sítios de splicing, além de abranger o genoma mitocondrial completo. A cobertura vertical média esperada é de 100x, a cobertura horizontal é maior ou igual a 95% a 20x.
O sequenciamento pelo método de Sanger será realizado para confirmar variantes clinicamente relevantes quando necessário. O sequenciamento pelo método Sanger é realizado na plataforma ABI 3500 (Applied Biosystems).
A metodologia validada pelo laboratório é capaz de detectar variantes de base única (SNVs), pequenas inserções e deleções (InDels) e variações do número de cópias (CNVs) com tamanho superior a 30 Kb.
LIMITAÇÕES DO EXAME
– Esta metodologia foi validada para identificar variantes de linhagem germinativa, desta forma, linhagens celulares indicativas de mosaico podem não ser identificadas neste exame.
– Este teste não descarta a possibilidade de existirem outras variações genéticas localizadas fora da região de cobertura deste exame, bem como, alterações genéticas não detectáveis pela técnica utilizada.
– O sequenciamento realizado neste exame não detecta variantes estruturais.
– Regiões de homologia (p. ex.: pseudogenes, genes parálogos, ortólogos) apresentam similaridade em diferentes graus com outras regiões do DNA, o que pode impossibilitar a confirmação da localização exata da mutação. Alguns genes avaliados pela metodologia de NGS e que possuem regiões de homologia, terão cobertura parcial.
– Variantes de número de cópias (CNVs) menores que 30 Kb, assim como aquelas restritas a um único exon ou presentes em regiões promotoras e intergênicas, podem não ser detectadas pela metodologia. Da mesma forma, a análise de CNVs em genes com alta homologia não é viável por ser uma limitação do método.
PALAVRAS-CHAVE
Exoma, Sequenciamento completo do Exoma, Exoma com CNV e DNA mitocondrial
PRAZO
40 dias úteis
COMENTÁRIOS
Observações:
– As variantes detectadas são classificadas em cinco categorias: patogênicas, provavelmente patogênicas, variantes de significado incerto (VUS), provavelmente benignas e benignas, de acordo com os critérios do College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) definidos em 2015 (PMID: 25741868).
– Serão reportadas as variantes patogênicas, provavelmente patogênicas e variantes de significado incerto (VUS) que possuem correlação com a clínica do paciente.
– No exame de exoma, podem ser identificados achados secundários, que não necessariamente estejam associados ao quadro clínico atual, nestes casos, quando autorizado pelo paciente ou seu responsável legal através de assinatura prévia do termo de consentimento, serão reportadas variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas em genes com relevância para conduta clínica e aconselhamento genético, que façam parte da lista de recomendação do ACMG que estiver vigente no momento da liberação do resultado.
– A análise do DNA dos pais, sem custo, só será realizada em casos específicos nos quais se faz necessário confirmar o padrão de herança de uma variante.
– É possível realizar a reanálise dos dados do exoma, sob solicitação do médico responsável; a reanálise pode gerar custo adicional e o laboratório reserva-se o direito de cobrar por esta reanálise quando o laudo original tiver sido emitido há mais de 12 meses.
– Esse laudo é emitido de acordo com o conhecimento científico atual. A interpretação dos resultados e classificação das variantes podem mudar com o avanço do conhecimento médico ou melhoria das ferramentas de análise de dados.
Referências:
– ClinVar – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
– HGMD – The Human Gene Mutation Database – http://www.hgmd.cf.ac.uk
-1000Genomes Browser – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/
– gnomAD browser beta/GenomeAggregationDatabase – http://gnomad.broadinstitute.org/
– NHLBI Exome Sequencing Project (ESP) – Exome Variant Server http://evs.gs.washington.edu/EVS/
– ExAC Browser (Beta) | Exome Aggregation Consortium – http://exac.broadinstitute.org/
– ABraOM: Brazilian Genomic Variants – http://abraom.ib.usp.br/
– Online Mendelian Inheritance in Man – https://omim.org
– Brazilian Initiative on Precision Medicine – https://bipmed.org/
Atualizado em 30/04/2024